与癫痫和自闭症相关的基因编制的完全遗传和临床分析

在文献中描述的SCN2A相关疾病的400多名患者具有遗传和临床数据。

费城儿童医院的研究人员（Chec）与Chop癫痫神经源性倡议（Engin）隶属于400多种与SCN2A相关疾病的完全遗传和临床分析，这与各种神经发育障碍有关，包括癫痫和自闭症。通过将临床特征与标准化的格式联系起来，研究人员希望他们的发现能够改善鉴定和临床干预。

该研究于今天（3月17日，2021年3月17日）在线发表的医学遗传学。

SCN2A基因中的病原变体可导致各种临床特征 - 或表型 - 与神经发育障碍相关。几项研究描述了在疾病导致这种基因的疾病变化中收集的遗传信息。然而，虽然以标准化的方式收集遗传信息，但在表型上没有标准化的数据，并且在本研究之前，这些患者的临床特征的可用数据尚未彻底分析，这意味着基因型与表型之间的相关性许多相关性这些患者通常是轶事。

为了适当地链接遗传和表型数据，来自ChecCh的研究人员使用人类表型本体（HPO），一种标准化患者的临床特征的方法，并允许数据转换与遗传数据相似。

“基于我们以前的HPO工作，我们知道我们有机会为SCN2A相关疾病的完整表型景观提供研究和临床社区，”米多·赫尔比格，MD，主治和数据科学主任学习的核心和铅研究员。“史式与SCN2A的变体存在于各种临床特征，其中一些难以在我们的研究之前容易地进行分类。”

研究人员从近二十年出版的SCN2A相关疾病中提取了与SCN2A相关疾病的表型信息，包括2001年至2019年间医学文献中的每种描述，除了患者之后是ENGIN。该研究团队在413个无关的唯一唯一的唯一唯一的唯一唯一的唯一唯一的唯一的临床注释中，共有10,860个临床注释，共有562个术语独特的术语。这使得研究人员将临床特征与特定的遗传变异联系起来。

例如，蛋白截断变体，其是缩短基因编码序列的遗传变体与自闭症和行为异常有关。导致不同氨基酸的遗传密码的密码变异或改变遗传密码的产生比通常预期的氨基酸的产生与新生儿发病癫痫和癫痫发作有关。使用主要成分分析来简化数据的复杂性，研究人员发现，三个主要成分占其数据集中的三分之一的三分之一的表型变异性，尽管数据的复杂性，但可以衍生出信息临床组。

“SCN2A相关疾病是在进行可计算表型的这种系统映射的条件组。我们的研究结果有助于在SCN2A相关障碍中定义子类，这可以为未来的精密药方法铺平道路，以帮助这些渗透净性，“Helbig说。“这项工作建立在我们以前的研究之上，现在提供了一个框架，即HPO术语如何在各种罕见疾病中映射复杂的临床数据，以应对我们尚未存在的临床特征，自然历史和结果。”

参考：“对SCN2A相关疾病的10,860个表型注释的计算分析”由Katherine Crawford，Julie Xian，Katherine L. Helbig，彼得D. Galer，Shridhar Parthasarathy，David Lewis-Smith，Michael C. Kaufman，Eryn Fitch，Shiva Ganesan ，Margaret O'Bren，Veronica Codoni，Colin A. Ellis，Laura J. Conway，Deanne Taylor，Roland Karause和Ingo Helbig，3月2021年3月17日，Medicine.doi：
10.1038 / S41436-021-01120-1

通过奖励U54NS108874，通过奖励U54HD086984，通过奖励U54HD086984，通过奖励U54NS108874，通过奖励U54NS108874支持，通过奖励Q02ns112600，通过奖励苏利亚·塞尔国家儿童卫生和人类发展研究所。 Engin，通过授予Unerman医学研究所的Unoinomics-罕见的癫痫综合征综合征联盟，德国研究基金会通过授予欧洲遗传学综合征综合征联盟（Perelman Maily综合征联盟HE5415 / 3-1，HE5415 / 5-1，HE5415 / 6-1和WE4896 / 3-1，DFG / FNR INTER研究单位2715，通过奖励WE4896 / 4-570 1，HE5415 / 7-1，互联/ DFG / 17/17/11583046，基因组学研究和创新网络，Elixir-卢森堡，国际联盟对抗癫痫，Ruth L. Kirschstein National研究服务奖励机构研究培训赠款（T32 NS091008），并通过奖励203914 / z / 16 / z，以及惠康信托信托北临床博士学位。