VGP项目释放十五个新基因组

常见的弯曲蝙蝠（Miniopterus schreibersii）是亚热带源的一种物种，分布在南部的南部，埃塞俄比亚，东方和澳大利亚地区。© Dietmar尼尔

国际脊椎动物基因组项目（VGP）已正式启动和发布了15个新参考基因组，代表了所有五个脊椎动物类 - 哺乳动物，鸟类，爬行动物，两栖动物和鱼类。这些15个基因组是其日期最完整的版本。VGP的使命是序列和组装高质量，几乎无差错，以及地球上所有66,000个脊椎动物种类的完整基因组。VGP数据目前主要由三位排序中心的团队制作：洛克菲勒大学，美国，伍德斯·桑德斯研究所，德国德累斯顿的Max Planck Sancich Cell生物学和遗传学研究所。15个释放的基因组，蝙蝠和鱼中的两个已经在德累斯顿进行了测序并组装。

凭借其雄心勃勃的使命，VGP旨在解决生物学，保护和疾病中的基本问题，包括识别最遗传的物种，以灭绝的风险，并保留其后代的遗传信息。高质量的VGP基因组将成为其物种的主要参考，并将储存在基因组ARK中，是一个基因组的数字开放式库。

VGP的当前阶段1 - VGP订单项目 - 旨在创建所选物种的参考组件，该物种代表所有260次脊椎动物订单，这些物种在6600万年前的最后一次大规模灭绝后不久彼此遭遇。研究这些序数种类将有助于科学家决定什么类型的物种幸存下来的灭绝事件擦除了恐龙。这些研究还可以对其他物种如何在当前的第6次大众灭绝事件中生存并帮助识别可能保护这些物种免受全面灭绝的遗传变异的洞察。在15个新基因组中，普里尼斯等危险性濒危物种，以及Kakapo鹦鹉。其他物种包括Zebra Finch Songbird和Anna的蜂鸟，如鹦鹉，属于唯一的三个声乐学习鸟订单超过40多个鸟类。此外，两个声音学习蝙蝠物种是该第一数据发布的一部分。

脊椎动物基因组项目 - 15个释放的基因组，蝙蝠和鱼类中的两个已经在德累斯顿的Max Planck分子细胞生物学和遗传学研究所（MPI-CBG）中被测序并组装。基因迈尔斯在巨大的项目上。

要进行VGP，项目出现的伞形G10K组织召开了来自12个国家的学术界，工业和政府的150多个专家，开发高分辨率测序方法，减少成本并消除瘟疫的错误当前参考基因组。许多当前参考基因组被丢失的误差缺失，一些错误组装不正确，其他基因完全缺失。因此，研究人员可能使用不正确的基因序列和妨碍其基因组研究的结构。新的VGP基因组消除了大部分这些错误。

蝙蝠和鱼的基因组分析

Max Planck的分子细胞生物学和遗传学研究所，特别是其生物学德累斯顿（CSBD）中心的生物信息学研究人员参与了VGP项目的初始阶段I基因组的测序，装配和注释，重点是蝙蝠和鱼。德累斯顿科学家是德累斯顿概念基因组中心（DCGC）的一部分，在使用各种长读测序和远程脚手架技术方面具有特殊专业知识。由尤金迈尔斯领导的德累斯顿枢纽已经贡献了15个释放基因组的两个基因组：较大的马蹄蝙蝠（鼻孔Ferrumequmomum）和Flier CiChlid鱼（Archocentrus Centrarchus）。将来，大约10％到20％的VGP物种预计将在德累斯顿进行测序。德累斯顿Max Planck Institute and CSBD的创始人尤金迈尔斯表示，“长读测序的进展是彻底改变DNA测序。经过一个十年的中断，这一趋势激发了我恢复了基因组大会，因为我认为它意味着我们最终能够产生近乎完美的基因组重建。我认为这种能力将大大改变基因组学的景观。“

除了VGP，Themax Planck分子细胞生物学和遗传学研究所和CSBD也积极参与协同裁计的国际测序项目。BAT1K项目的目标是排序所有1,300个蝙蝠物种，其中许多人生活异常长期或有近乎完美的免疫系统。六个蝙蝠基因组将在不久的将来释放，另有25种，正在与Bat1k联盟合作研究老龄化，免疫和声乐学习，其中包括来自Max PlanckScalcks精神语言学研究所的合作伙伴Sonja Vernes在荷兰和英国都柏林大学学院的Emma Teeling。另一个项目是欧元鱼项目，旨在序列欧洲新鲜水域中几乎所有600种鱼游泳。我们的主要合作者之一是Konstanz大学的Axel Meyer。最大普朗克社会正在资助这些协同项目的初始基因组。所有基因组将被测序到VGP设置的高质量标准，并将放在基因组ARK储存库中，其中一天将记录所有66,000名脊椎动物。

15个新基因组

1.哺乳动物（4种）

两个蝙蝠种类，更大的马蹄铁蝙蝠（鼻咽法骨）和苍白的矛鼻蝙蝠（Phyllostomus discolor），用作长寿和声乐学习的模型加拿大Lynx（Lynx Canadensis），曾经在美国近乎灭绝，现在恢复了鸭嘴鸭嘴兽（Ornithorhynchus Anatinus），一种卵形哺乳动物，具有爬行动物特征

2.爬行动物（1种）

来自墨西哥的新发现的龟类，Goode的Thornscrub乌龟（Gopherus Evgoodei）

3.两栖动物（1种）

双衬里（Rhinatrema Bivittatum），一个类似于蛇的诽谤两栖动物

4.鸟（3种，4个基因组）

除了kakapo（Strigops habroptilus）外，VGP还从两只其他鸟订单中重新测序物种，代表了40多个禽Ordersa男性和女性斑马雀（Taeniopygia Guttata）中唯一的三个声乐学习鸟，最常见的声乐学习者的蜂鸟（Calypte Anna），属于最小的鸟类

5.鱼（5种代表特征的大持续性，用于研究物种演化和适应）：

Flier CiChlid（Archocentrus Centrarchus），原产于中美洲快乐（Astatotilapia Calliptera），也是一个慈鲷鱼类，原产于马拉维湖，非因素兵鲈鱼（Anabas Testudineus），原产于东南赛道曲目鳗鱼（Mastacembelus Armatus）的内陆水域，原产于河流东南亚偷偷摸摸的西班牙北部地中海沿岸的东南亚偷窃 - 鼻子（Gouania Willenowi）